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Fedora faire marcher sage et nmrglue

4 Octobre 2011 , Rédigé par Roger Bunivot Publié dans #linux

Pour certain processing de RMN j'utilise

nnmrglue et sagemath.

nmrglue est une librairie programmé en python.

sagemath est un serveur du langage python, ce qui lui permet d'uitliser un simple navigateur web pour obtenir une interface graphique similaire à mathématica.

Très pratique pour le developpement de script, ainsi que pour le processing de données.

 

Pour faire marcher les deux de concert (avec une distribution fedora):

 

                  1. installer sagemath

                           télécharger l'archive pour fedora

                           décompresser l'archive à l'emplacement désiré.

                           et voila pour tester ce placer dans le dossier nouvellement créé exécuter sage: ./sage

                 2. installer nmrglue

                          télécharger l'archive

                          décompresser l'archive à l'emplacement désiré.

                          se placer dans le dossier nouvellement créé.

                          excuter la comande :  python setup.py install

 

cette commande rend disponible nmrglue pour le python du système; or sage arrive avec ces propres librairies (en tous cas si on télécharge depuis le liens précisé ci-dessus).

Il reste donc à rendre disponible nmrglue pour sage en créant un lien entre le répertoire nmrglue créé par le setup.py et le repertoire des librairies :

 

ln -s /usr/lib/python2.7/site-packages/nmrglue      VOTRE_REPERTOIRE_SAGE/local/lib/python2.6/site-packages

 

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Peter 19/06/2013 22:32

Hi Roger,

Please forgive the English comment. I work in NMR and have been using Sage Math for a while. How well do you find they work together?

Peter.